北京大学深圳医院口腔医学中心是公立医院。
北京大学深圳医院口腔医学中心创建于2001年，是集医、教、研一体的临床科室，是广东省高水平临床重点专科，深圳市优势医学重点学科、品牌学科；国家口腔疾病临床研究中心深圳分中心单位、广东省口腔疾病诊疗工程技术研究中心单位；是深圳市口腔医学会会长单位、深圳市口腔医疗质量控制中心主任单位；是上海交通大学附属九院口腔颌面-头颈肿瘤诊治专科联盟、北京大学口腔医院口腔医学数字技术研究与应用联盟骨干单位，并牵头成立了深圳市口腔颌面部疑难病专科联盟。
现有医护人员共计137名，其中博士46名，主任医师15名，副主任医师14名，全部来自全国重点医学院校，并有多名归国留学人员。硕士生导师5名，博士生导师2名，深圳市高层次人才7名。骨干分别赴瑞士苏黎世大学医院颅面外科中心、日本癌研病院头颈肿瘤部、美国克利夫兰医院、美国安德森肿瘤中心、意大利锡耶纳大学、上海交大附属九院、北京大学口腔医院进修学习。
口腔医学中心下设口腔颌面外科（牙槽外科、颌骨畸形专科、颌面肿瘤专科、涎腺专科、种植外科），牙体牙髓科，修复科，正畸科，牙周科，口腔影像科、口腔黏膜科、口腔综合科及儿童口腔科九个专业组。现有病床42张，综合治疗台70台，配有手术导航系统、涎腺内镜系统、CAD/CAM、CBCT、根管显微镜、激光治疗机、口内扫描仪等设备，年手术量达1850余台，其中显微外科皮瓣150余台，正颌外科手术120余台，年门诊量近16万人次。
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