错合畸形的危害很大，它会影响牙颌面的发育。在儿童及青少年生长发育过程中，有的错合畸形将影响牙颌面软硬组织的正常发育。比如前牙反合，如果不及时治疗，那么上颌骨的发育会受到下颌牙弓的限制，下颌骨的发育也会因为没有上下颌牙弓的协调关系而过度向前，形成颜面中1/3凹陷和下颌前凸畸形，导致新月状面容逐渐加重。
此外，单侧个别牙错位、单侧后牙反合和单侧后牙锁合都可能造成面部发育不对称。错合畸形还会影响口腔健康。因为牙列拥挤、牙齿错位会妨碍食物的自洁作用和牙刷的清洁作用，这类患者更容易发生龋病和牙周炎。
错颌畸型还影响颜面美观，比如开唇露齿、双合前凸、长面和短面畸形等等。此外，影响颜面美观的错颌畸形，对患者可造成不同程度的心理和精神障碍。
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