南京大学医学院附属口腔医院（又称“南京市口腔医院”），创建于1947年，前身为国民政府中央卫生实验院牙病防治所。新中国成立后，被列为政府重点建设的5所全国中心城市口腔医疗机构之一。历经70余年发展，南京市口腔医院成为以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重三级甲等口腔医院。
南京市口腔医院拥有国家临床重点专科建设项目2个，省级重点学科（专科）6个，市级重点学科（专科）3个。医院在2022年全国三级公立医院绩效考核中，位居口腔类专科医院全国第4名。同时，也是2022年度华东地区口腔科声誉排行榜第4名。
国家级重点专科如下
口腔颌面外科：医院建立了江苏省第一个正规化的口腔颌面外科病房，是全国成立较早的专科之一。年门诊量超15万人次，年收治住院患者近4000人次，收治的外省市病员占50%，诊疗的各类口腔颌面外科患者占江苏省三级医院同类患者的70%以上，各指标稳居省内专科第一、国内前列。
牙体牙髓病科：年门诊量15万余人次，是华东地区较有影响力的口腔专科之一。目前有医师60名，其中主任医师2名、副主任医师12名、博士研究生及以上学历15人、硕士研究生35人。诊疗范围包括龋病，牙髓病，根尖周病，牙周牙髓联合病变，各种牙体组织急慢性损失，根管治疗成功率达90%以上。
省级重点专科
口腔粘膜病科、口腔种植科、牙周病科、口腔内科、口腔修复科、口腔颌面医学影像科
市级重点专科
口腔正畸科、儿童口腔科、口腔麻醉科
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