1.遗漏根管:临床上最常发生遗漏的是上颌磨牙近中根MB2根管，若采用传统的根管诊疗技术很难发现遗漏根管，因此可在显微镜和显微根管器械的辅助下，诊断遗漏根管并完成彻底的根管治疗。
2.钙化根管的疏通:根管钙化主要表现为X线片上根管系统的影像不清晰或消失，临床上肉眼无法轻易疏通的钙化根管。在根管显微镜的引导下，可根据钙化根管和正常牙本质之间颜色和质地的差别对切削部位作更精确的判断，从而有效减少根管偏移和根管壁穿孔的发生。
3.修补穿孔:根管侧壁穿通及髓室意外或病理性小面积底穿，是根管治疗过程中较为严重的并发症，可导致牙周组织炎症和牙周附着丧失，预后较差，最终多导致拔除患牙。根管显微镜具有良好的放大和照明功能，是确定和评估穿孔部位的关键工具。术者可以在清晰视野下进行根管壁穿孔的更直接更准确的定位和治疗，有利于根管系统的彻底消毒，促进受损牙周组织的愈合。
4.折断器械及折断根管桩的取出:器械折断于根管内是根管治疗过程中较常见的并发症。多数情况下未取出的折断器械会导致根管预备无法到达工作长度，使根管治疗成功率下降。传统的处理方法预见性较低，发生根管侧穿的几率高。随着显微镜、超声器械和显微根管技术套筒等专业工具的出现，折断器械取出的成功率大大提高。
5.显微镜都配备有摄像系统。能够让病人充分了解病情，保存资料、便于医患交流，更具有说服力。当然也不能过分夸大显微镜的作用，因为显微镜只是放大功能，并不能代替医生的操作，做治疗必须依靠医生的手法、技巧经验。
6.显微镜对于临床中的活髓切断术、根尖屏障术以及根尖诱导术的辅助作用也必不可少。
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