植入“牙根”部分，我们通常称为种植外科部分，即手术部分。
首先是术前准备。患者在完善上述的检查经过医生确认合格后，预约手术。术前半小时预防性服用抗生素和止疼药，签种牙同意书，用漱口水漱口，穿好清洁的隔离服，带好帽子、鞋套进入手术室。种植间是无菌的，所以手术前的准备和要求比较严格，所有的一切都是为了种牙成功，患者不用紧张。
种“牙根”疼不疼有多疼？在种植手术开始前，医生首先要给你进行局部麻醉，然后等待几分钟，麻药起效以后，你就只会有感觉，不会有痛觉。而可能出现的感觉包括麻木、滞涨、或者能感觉到医生的用力甚至缝合时候的牵拉感。
接下来是手术的过程。患者进入手术室躺在牙椅上，由助手进行消毒、铺手术巾，这个过程也是为了保证手术区域的无菌和清洁。手术开始，先打点麻药，在牙龈切个小口，露出骨头后，逐步钻磨并将种植体放进去，最后缝上。需要说明的一点是：在种上牙根之后，镶上牙套之前，需要用一个小工具使牙龈形成理想的形状，这个小工具就叫愈合基台。骨头条件好的可以种牙手术缝合时直接安放愈合基台；反之，需要缝合牙龈切口，待2~3个月后种植体跟骨头长在一起了，再在牙龈切个小口安放愈合基台。
上面所描述的手术过程，是对于牙槽骨条件良好，有足够的宽度、高度不需要植骨的病例。还有一部分病例，因为骨头条件不够好，需要植入人工骨或是自体骨，手术过程可能会略复杂一些，愈合时间也会略长一些。
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