北京口腔医院是正儿八经的公立医院。
首都医科大学附属北京口腔医院创建于1945年，是一所集医疗、教学、科研、预防为一体的三级甲等口腔专科医院、口腔医学院和口腔医学研究机构。按照医院“一院两址多点”发展规划，现分为主院区、王府井院区、大兴西红门部和房山拱辰部。
医院秉持“严精勤谨 厚德博才”的院训精神，全心全意为广大患者提供各类口腔医疗服务。设有20个临床科室和5个医技科室，诊疗椅位559台，病床编制130张。首批获得口腔颌面外科、口腔修复科、牙体牙髓科、口腔正畸科4项“国家临床重点专科”建设项目；是国家医学考试中心医师资格考试和考官培训基地。2017年启动成立口腔专科医联体，覆盖北京市11个城区55家成员单位，与京外3家医疗机构建立医疗技术合作，充分发挥辐射带动作用。
口腔医学院承担着各层次口腔人才培养任务，是国家卫生健康委第一批认定的住院医师规范化培训基地、北京市住院医师规范化培训口腔专科委员会副主任委员单位，口腔全科专业基地为国家重点专业基地。口腔医学专业是教育部首批高等学校特色专业及北京市特色专业，首批国家级一流本科专业建设点和北京高校“重点建设一流专业”。
北京市口腔医学研究所成立于1989年, 是口腔医学一级学科博士点、博士后流动站、国家教育部科学与技术高级人才培养基地，拥有全牙再生与口腔组织功能重建北京市重点实验室，为口腔医学人才的培养及科技创新提供强有力的科研支撑。
作为北京市牙病防治所挂靠单位，带领北京市牙防工作走在全国前列，自2005年起连任北京市口腔质控中心主任委员单位，2017年牵头成立“京津冀口腔卫生保健协作中心”。北京口腔医学会挂靠我院，致力于通过开展口腔医学学术交流，普及口腔医学知识，为提高人民健康水平服务。
王府井院区设有正畸科、修复科、儿童口腔科、口腔综合科等临床科室。口腔综合科设立口腔一体化专业门诊，为患者提供口腔内科、外科各专业协同诊疗。
大兴西红门部（口腔显微诊疗中心）位于大兴区西红门医院内，依托侯本祥教授团队显微诊疗的特色优势，下设六个专科门诊，致力于解决口腔各专科的复杂疑难病例。
房山拱辰部位于拱辰街道社区卫生服务中心内，以口腔全科一体化治疗为特色，围绕口腔常见病、多发病，为周边居民提供便捷高效的口腔医疗保健服务。
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